Фамилия Шкираева — женская форма фамилии Шкираев, и её происхождение напрямую связано с мужской основой. Сама фамилия Шкираев — довольно редкая, и её корень вызывает у ономастов несколько версий, ни одна из которых не является бесспорной.

Скорее всего, основа «Шкир-» восходит к прозвищу или нецерковному имени. В южнорусских и украинских говорах «шкира» — это шкура, кожа. Прозвище Шкира могли дать кожевнику, скорняку или человеку с грубой, «толстокожей» натурой — упрямому, выносливому. Суффикс «-ев» указывает на притяжательное значение: «чей?» — Шкираев, то есть сын или потомок Шкиры. Модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ с конечным твёрдым согласным.

Вторая версия менее очевидная, но возможная: фамилия могла возникнуть от слова «шкирь» — в некоторых диалектах так называли узкий, скрытый проход или тайник. Тогда Шкира — человек, живущий в глухом месте, или тот, кто прячет что-то. Однако эта гипотеза слабее, так как прозвище от географического термина в такой форме встречается реже.

География фамилии Шкираев (и Шкираева) тяготеет к югу России: Ростовская область, Краснодарский край, а также к Украине. Это подтверждает версию о южнорусских корнях. В центральных и северных областях фамилия почти не встречается.

С точки зрения социального контекста, Шкираевы — это, скорее всего, потомки крестьян или ремесленников, занимавшихся выделкой кож. Фамилия не выглядит дворянской или купеческой, она из разряда тех, что «говорят сами за себя», указывая на занятие или характер предка.