Фамилия Шкира звучит сжато и нестандартно для славянского уха — в ней нет привычных суффиксов -ов или -ин, а основа короткая, как прозвище. Именно прозвище здесь и лежит в основе. «Шкира» — это южнорусское, украинское и белорусское диалектное слово, означающее «шкура», «кожа» (ср. укр. шкіра). В прямом смысле так могли назвать кожевника, скорняка или торговца кожами. Но чаще прозвище носило переносный, ироничный оттенок: «шкирой» называли худого, тощего человека — «кожа да кости», либо, напротив, человека с «толстой шкурой», то есть нечувствительного, грубого.

Модель образования здесь — бессуффиксная фамилия, то есть прозвище перешло в фамилию в чистом виде, без оформления типичным для русских фамилий суффиксом принадлежности. Это характерно для украинской и белорусской ономастики, где фамилии на -а нередки: Шкира, Губа, Ломака. В русских говорах такие фамилии встречаются реже и обычно указывают на выходцев с запада или юга России, из зоны активных контактов с украинским языком.

Географически фамилия наиболее плотно представлена на западе Украины (Волынь, Подолье), в южных областях Беларуси и в прилегающих районах России (Брянская, Курская области). Встречается она и у поляков (Skira), но с иной, реже польской, этимологией — от skóra (шкура). Спорных версий немного: иногда Шкиру пытаются возвести к тюркскому корню со значением «пестрый» или к литовскому «skirti» (разделять), но эти гипотезы слабы — фамилия уверенно ложится в славянский прозвищный ряд без натяжек.

В документах XVII–XVIII веков фамилия фиксируется у казаков и мещан: например, в реестрах Черниговского полка встречаются Шкиры. Сословная принадлежность носителей — в основном крестьяне и ремесленники, что логично для прозвища, данного по внешности или занятию. Дворянских родов Шкира не отмечено, что тоже типично для фамилий такого типа.