Фамилия Шокира — редкий случай, когда написание почти полностью совпадает с произношением, а корень вызывает вопросы даже у подготовленного читателя. Самое вероятное объяснение — перед нами русифицированная форма фамилии, восходящей к арабскому или тюркскому имени Шукур (Шокур), что значит «благодарность», «благодарный». В тюркских языках, особенно в татарском и башкирском, имя Шөкер (с мягким «ш») давали мальчикам, желая им быть благодарными судьбе и Богу. От этого имени по русской модели притяжательных прилагательных на -ин образовали фамилию Шокерин, а в южных и юго-западных говорах, где «аканье» закреплялось и на письме, она превратилась в Шокира.

Вторая версия, менее распространённая, связывает Шокиру с украинским или белорусским прозвищем Шокира — от диалектного «шокир» (шепелявый, картавый) или «шокирати» (говорить невнятно, с присвистом). Тогда фамилия — типичная для западнорусских земель: прозвище по особенности речи перешло в фамилию без дополнительных суффиксов, по модели «прозвище = фамилия». Такие случаи встречаются в Полесье и на Волыни, где фамилии на -а нередки и не указывают на женский род.

Словообразовательно фамилия стоит особняком. В русской традиции фамилии на -а обычно женские (Кузнецова, Иванова) или образованы от прозвищ на -а/-я (Ворошила, Молча). Шокира не вписывается ни в одну из этих групп: суффикса -ов/-ев нет, окончание -а сохранилось, как в исходной тюркской основе. Это говорит о сравнительно поздней фиксации фамилии, когда модель уже не переделывали под русские нормы, а записывали на слух.

Географически фамилия привязана к двум ареалам: Поволжье (Татарстан, Башкортостан, Оренбуржье) — в среде крещёных татар и мишарей, а также к Черкасской и Кировоградской областям Украины, где встречаются единичные носители. В дореволюционных переписях фамилия не фиксировалась, что указывает на её позднее оформление — не раньше середины XIX века, когда у крестьян массово появились фамилии, а акающие говоры уже влияли на письменную фиксацию.

Искать в фамилии Шокира дворянское происхождение или связь со старыми московскими родами не стоит — это фамилия крестьянская или мещанская, возникшая на стыке культур, где тюркское имя получило русское окончание, а потом и русский падеж.