Фамилия Шкобинова — женская форма от Шкобинов, и её разбор стоит начать с суффикса. Модель «-ов» типична для русских фамилий, образованных от мужского прозвища или имени, оканчивающегося на твёрдый согласный. В основе лежит слово «шкоба», которое в русских говорах имеет два основных значения. Первое — металлическая скоба, пробой, дверная петля; второе — переносное, прозвище для человека с цепким, хватким характером или, напротив, для того, кто «скобой» горбится. В словаре Владимира Даля «шкоба» зафиксирована именно как скоба, дужка.

Если исходить из прозвищной традиции, Шкоба — человек, которого прозвали за внешность или повадку: возможно, сутулого, сгорбленного, либо, наоборот, цепкого в делах. В ономастике известна фамилия Скобин, и Шкобин — её диалектный вариант с начальным «ш», характерным для северных и сибирских говоров. Подтверждение этому находим в работах Б. Унбегауна, который отмечал, что чередование «ск-» / «шк-» в русских фамилиях нередко указывает на северное или восточное происхождение носителя.

Географически фамилия Шкобинов (и Шкобинова) тяготеет к Поволжью и Уралу. В метрических книгах XIX века она встречается в Вятской и Пермской губерниях, а также в казачьих станицах Оренбуржья. Это позволяет предположить, что предки носителей фамилии могли быть государственными крестьянами или мастеровыми, связанными с кузнечным или плотницким делом: шкоба как деталь крепежа часто упоминается в ремесленных описях того времени.

Редкость фамилии объясняется тем, что прозвище Шкоба не получило широкого распространения, а сама фамилия осталась локальной. Однокоренные аналоги — Шкобин, Шкобов — встречаются ещё реже. Таким образом, Шкобинова — не случайная, а вполне прозрачная по происхождению фамилия, связанная либо с ремесленным термином, либо с характерной чертой предка.