Фамилия Шкобин — одна из тех, где за простым звучанием скрывается сразу несколько возможных историй. В основе, скорее всего, лежит прозвище или профессия, а не крестильное имя. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Шкобин — «сын Шкобы» или «человек из семьи Шкобы». Сама основа «шкоб» — редкая и неоднозначная.

Первая и самая прямая версия — от слова «шкобень» (или «шкобель»), которое в некоторых русских говорах обозначало струг, скобель — инструмент плотника или бондаря для грубой обработки дерева. В этом случае Шкобин — потомок человека, чьим ремеслом была работа со скобелем, то есть плотника или бондаря. Фамилия образована по той же модели, что и Топорин, Пильщиков, Ножовкин, но с более редкой основой.

Вторая версия — прозвище от глагола «шкобить» (в некоторых говорах — «шалить, проказничать» или «скрести, царапать»). Тогда Шкоба — человек с неспокойным характером, шалун, или, наоборот, тот, кто постоянно «скребет», то есть придирчивый, дотошный. Возможна и связь с диалектным «шкоб» — кость, сустав, что могло относиться к комплекции или походке человека.

География фамилии тяготеет к северо-западным и центральным областям России, встречается в Псковской, Новгородской, Тверской областях. Это косвенно подтверждает связь с плотницким ремеслом: в этих краях лесные промыслы были распространены.

В ономастической литературе фамилия Шкобин не относится к числу подробно описанных. Унбегаун в своем словаре не выделяет её в отдельную статью, но модель образования типична для русских фамилий от прозвищ, не связанных с церковными именами. Родственные фамилии — Шкобенев, Шкобельский, Шкобликов — встречаются ещё реже.

Таким образом, Шкобин — фамилия, скорее всего, профессиональная или прозвищная, с корнем, уходящим в народную речь и ремесленный быт. Носитель этой фамилии мог быть потомком плотника, работавшего скобелем, или человека с живым, озорным нравом.