Основой фамилии Шкодин послужило мирское имя Шкода. Фамилия Шкодин восходит к мирскому имени Шкода, в основе которого лежит нарицательное «шкода»: так в старину в южных и западных говорах называли любой вред, убыток, порчу. Существовал и глагол «шкодить» - «вредить, портить», а также «шалить, дурить, баловать». Вероятно, таким именем родители прозвали шаловливого ребенка, который часто проказничал. Фамилия Шкодин записана в Пензенской области в 1981 году. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Шкода, со временем получил фамилию Шкодин.