Фамилия Шкодинов — одна из тех, что хранит в себе живое прозвище, а не имя в святцах. Её основа — слово «шкода», которое в русских говорах означало «вред, убыток, проказа». Соответственно, Шкодой в народе называли озорника, шалуна, человека, склонного к мелким пакостям или неожиданным выходкам. В некоторых диалектах, особенно южнорусских и украинских, «шкода» могла относиться и к хищнику, наносящему урон хозяйству, но применительно к человеку значение было скорее бытовым и незлым — этакий проказник.

Модель образования фамилии типична для центральной России: основа «Шкода» плюс патронимический суффикс «-ин» (притяжательный, отвечающий на вопрос «чей?»), а затем фамильный «-ов». Получается «Шкодин» — сын Шкоды. Форма Шкодинов возникла, скорее всего, как вариант с наращением «-ов» к уже готовой фамилии Шкодин, что нередко происходило в официальных документах XIX века: писарь мог записать крестьянина как Шкодинов, чтобы отличить от однофамильцев в той же волости. Встречается и более редкая бессуффиксная фамилия Шкода.

Географически фамилия Шкодинов тяготеет к югу России и украинским губерниям. По данным переписей, чаще всего она встречается в бывших Воронежской, Курской и Харьковской губерниях, а также на Кубани — регионах, где украинское влияние в говорах было сильным, и слово «шкода» звучало естественно. В северных областях фамилия практически не фиксируется.

Интересная деталь: в отличие от фамилий на «-ин», образованных от церковных имён (Иван — Иванов, но Иванин — редкость), Шкодинов держится на прозвищной основе, что делает её более «живой» по происхождению. Если ваш предок носил такое прозвище, он, вероятно, был человеком заметным в деревне — не злым, но с характером. Словарь Б. Унбегауна относит подобные фамилии к группе «отпрозвищных», подчёркивая их связь с бытовой речью, а не с официальным именословом.