Фамилия Шкодина — типичный пример того, как редкое прозвище превратилось в фамилию, сохранив оттенок насмешки или профессиональной характеристики. Основа здесь — слово «шкода» в старом русском значении «вред, убыток, проказа». В некоторых говорах «шкодой» называли и самого озорника, баловника, проказника. Соответственно, Шкодой в XV–XVII веках могли прозвать человека, который часто пакостил, шалил или наносил мелкий ущерб. Есть и более прозаичная версия: в западных и южных диалектах «шкода» означала «хищный зверь» (например, волк или лиса, наносящие вред хозяйству). В таком случае прозвище могло перейти на охотника или, наоборот, на нерадивого хозяина, чей скот пострадал от зверя.

Фамилия образована по стандартной модели: к основе «Шкод» добавили суффикс -ин, указывающий на принадлежность. Шкодина — буквально «дочь или жена Шкоды». В русской ономастике суффикс -ин чаще встречается у фамилий, образованных от слов женского рода (на -а/-я), что и подтверждает наш случай: прозвище Шкода (женского грамматического рода) дало форму Шкодин — Шкодина.

Географически фамилия встречается нечасто. Основные очаги — юг России, особенно Ростовская область, Краснодарский край, а также Украина (Харьковская, Сумская области). В центральных регионах и на севере она редка. Это указывает на южнорусское или украинское происхождение: именно в этих говорах слово «шкода» было особенно употребительным.

В этимологическом плане интересно, что в польском языке szkoda означает «жаль, убыток», а szkodnik — «вредитель». Фамилия могла прийти через польско-литовское влияние на украинские земли. В таком случае её первоначальный смысл — «человек, приносящий убыток» — сохранился.

Сословная принадлежность носителей фамилии не фиксируется однозначно. Скорее всего, Шкодины были крестьянами или казаками: прозвища с отрицательной коннотацией редко давали знатным людям. В ревизских сказках XIX века Шкодины встречаются среди государственных крестьян и однодворцев южных губерний.