Фамилия Шкопина — женская форма, а мужская — Шкопин. Её основа, «шкопа», звучит необычно, но имеет прозрачное происхождение. Слово «шкопа» или «шкоп» в русских говорах означало «сова», «филин» или «сыч». В южных и западных диалектах так называли не только птицу, но и нелюдимого, угрюмого человека — того, кто «сидит как сыч». Прозвище Шкопа давали либо за внешнее сходство с совой (крупные глаза, привычка щуриться), либо за характер: замкнутый, сторонившийся людей.

Суффикс -ин в фамилии Шкопина указывает на принадлежность: «чей?» — Шкопина, то есть дочь или жена Шкопа. Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ или мирских имён, оканчивающихся на -а, -я. В документах XVI–XVII веков встречаются упоминания крестьян и посадских людей с прозвищем Шкопа — например, в новгородских и псковских писцовых книгах. Это подтверждает, что фамилия не книжная, а «уличная», народная.

Менее вероятная, но возможная версия связывает «шкопу» с глаголом «шкопать» (копать, рыть) или с диалектным «шкопиться» (скупиться, жадничать). Однако в словарях Даля и Фасмера основное значение закреплено именно за птицей. Поэтому фамилию Шкопин/Шкопина стоит считать «птичьей» по происхождению — как Соколов, Воробьёв или Сычёв, но с более редкой и местной основой.

Географически фамилия Шкопина чаще всего встречается в Тверской, Псковской и Новгородской областях, что совпадает с ареалом бытования слова «шкопа» в значении «сова». В других регионах она редка, и носители, скорее всего, ведут род именно из северо-западных русских земель. Сословно предки могли быть крестьянами или ремесленниками — фамилия не несёт следов дворянского или духовного происхождения.