Фамилия Шкобинов — одна из тех, где корень настолько редок, что сразу вызывает вопросы. В официальных документах и переписях она встречается нечасто, и её происхождение приходится восстанавливать по косвенным данным, а не по готовым словарным статьям.

Скорее всего, в основе фамилии лежит прозвище Шкобин. Слово «шкоба» в русских говорах имеет несколько значений, но все они связаны с крестьянским бытом. В псковских и новгородских диалектах шкоба — это металлическая скоба, дверная петля или железная оковка сундука. В переносном смысле так могли назвать человека цепкого, «приставучего» или, наоборот, того, кто занимался кузнечным или плотницким делом — ставил замки, скобы, обивал сундуки. Есть и другое, более редкое значение: шкоба — это заноза или щепка, что могло стать прозвищем для худого или колючего по характеру человека.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Шкобинов буквально значит «сын Шкобина», а Шкобин — «сын (или человек) Шкобы». Модель образования типична для северных и центральных русских областей, где фамилии на -ин часто образовывались от прозвищ, оканчивающихся на -а/-я. В этом смысле фамилия Шкобинов — патроним второго порядка, то есть отчество, превращённое в фамилию.

Географически фамилия тяготеет к северо-западу России: её корни можно искать в бывших Новгородской и Псковской губерниях, где диалектное слово «шкоба» было в ходу. Встречается она и в некоторых списках однодворцев — это указывает на возможную связь с мелкими служилыми людьми, которые селились на южных рубежах государства в XVII–XVIII веках.

Спорных версий здесь немного. Можно было бы предположить, что основа «шкоб-» восходит к личному имени, но в святцах такого имени нет. Связь с украинским «шкода» (вред, убыток) маловероятна — фонетически и географически это разные ареалы. Самая правдоподобная версия — прозвище по ремеслу или характеру, закрепившееся в виде фамилии в среде крестьян и ремесленников Русского Севера.