Фамилия Шкобенев — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Скорее всего, в её основе лежит прозвище или диалектное слово, а не крестильное имя.

Модель образования проста: суффикс -ев указывает на принадлежность («чей?»), то есть Шкобенев — сын или потомок человека по прозвищу Шкобень. Само прозвище Шкобень, судя по звучанию, могло возникнуть в северных или сибирских говорах, где «шкобень» — это засов, запор, деревянная задвижка. В этом случае прозвище дали либо плотнику, делавшему такие засовы, либо человеку с характером «закрытому», нелюдимому, которого «не отопрёшь».

Есть и вторая, менее очевидная версия. В некоторых говорах «шкобень» означало «скоба» или «железная оковка». Тогда предок мог быть кузнецом или мастером по изготовлению скоб, дверных петель и другого крепёжного железа. Слово это — явный родственник «скобы» и «шкворня», что подтверждает связь с ремеслом.

Географически фамилия встречается точечно, преимущественно в центральной России и Поволжье. В дореволюционных переписях она не была массовой, что говорит о её локальном, возможно, однодворческом или крестьянском происхождении. Сравните с однокоренными фамилиями: Шкобин, Шкобов, Шкобенко — все они восходят к той же основе, но с разными суффиксами, что указывает на разные регионы формирования.

Таким образом, носитель фамилии Шкобенев — потомок человека, которого в деревне прозвали за профессию или черту характера «Шкобень», то есть «запор» или «скоба». Версия с плотницким или кузнечным делом выглядит правдоподобнее: прозвища по ремеслу давали чаще, чем по абстрактному свойству характера.