Фамилия Шкобенева — редкий случай, когда географический адрес почти наверняка перевешивает все прочие версии. Её основа — не имя и не ремесло, а название конкретного места: деревни Шкобенево в бывшем Новгородском уезде. Такие «географические» фамилии обычно появлялись у переселенцев: человека, переехавшего из Шкобенева в другую волость или город, записывали как «Шкобенев», «Шкобеневский» или «Шкобеневых». Суффикс -ев здесь не от отчества, а от названия селения (сравните: Ростов — Ростовцев, Тула — Туляков).

Деревня Шкобенево, в свою очередь, получила имя от прозвища или некалендарного имени первопоселенца — Шкобень. В новгородских говорах слово «шкобень» означало засов, запор, брусок, которым запирали ворота или дверь изнутри. Человек по прозвищу Шкобень мог быть крепким, основательным, «закрытым» или, напротив, заниматься изготовлением таких запоров — плотничать. Связь с плотницким делом тем более вероятна, что Новгородчина и соседние земли издавна славились артелями деревянного зодчества.

По модели образования фамилия Шкобенева стоит в одном ряду с Крюковыми, Замковыми, Ключевыми — все они образованы от названий предметов, которые в быту имели переносный смысл. Но в отличие от них, Шкобеневых почти нет за пределами северо-запада России: основная масса носителей до сих пор сосредоточена в Новгородской, Псковской и Ленинградской областях. Это косвенно подтверждает, что фамилия не разошлась широко от единого родоначальника, а возникала в нескольких ветвях из разных деревень с тем же названием — их в новгородских писцовых книгах XVI–XVII веков упоминается не одна.

Форма Шкобенева (женский вариант) указывает на то, что исходная мужская фамилия — Шкобенев. Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Шкобе́нева, хотя в местных говорах возможен перенос на первый. В документах XIX века встречаются дублетные написания — Шкабенев, Щебенев, но они либо результат акающего произношения, либо описки писцов, путавших фамилию с более частотной Щебенев (от «щебень»).