Фамилия Шкобырева — женская форма фамилии Шкобырев, и её происхождение напрямую связано с прозвищем родоначальника. В основе лежит слово «шкобырь» или «шкобарь», которое в русских говорах, особенно южных и западных, имело несколько значений. Самое вероятное из них — «шкобырь» как разговорное название человека, который шкобрит, то есть скребёт, чистит или строгает. Это могло быть прозвищем ремесленника, занятого мелкой обработкой дерева или кожи, а также просто человека с въедливым, придирчивым характером — того, кто «скребёт» душу или кошель.

Менее распространённая, но тоже возможная версия связывает фамилию с диалектным «шкобарь» в значении «скряга», «прижимистый человек». В некоторых областях так называли бродячих торговцев или коробейников, что снова отсылает к роду занятий. Суффикс «-ев» указывает на принадлежность: Шкобырев — сын или потомок Шкобыря. Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ с мягкой или шипящей основой.

Географически фамилия Шкобырев (и её женская форма) чаще всего встречается в центральных и южных регионах России, особенно в Курской, Белгородской и Воронежской областях. Это подтверждает связь с южнорусскими говорами, где слово «шкобырь» было в ходу. Встречаются также варианты написания «Шкобарев» или «Шкоберев», что связано с аканьем — произношением «о» как «а» в безударной позиции.

С точки зрения социальной истории, фамилия не указывает на дворянское происхождение. Скорее всего, предки Шкобыревых были крестьянами или посадскими людьми, занимавшимися ремеслом. Фамилия нередкая, но и не массовая — её носители есть в разных уголках страны, но она сохранила яркий диалектный оттенок, позволяющий с большой долей уверенности говорить о прозвищном происхождении.