Фамилия Шкуева — женская форма мужской фамилии Шкуев. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Шкуй. В русских говорах слово «шкуй» имело несколько значений, но все они сводились к одному: «плохой, дрянной человек» или «оборванец, негодяй». В словаре Владимира Даля «шкуй» — это бранное прозвище для того, кто «шумит, ссорится, бранится». Так могли назвать человека сварливого, вздорного или неопрятного.

Суффикс «-ев» указывает на притяжательный падеж: Шкуев — буквально «сын Шкуя». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ без уменьшительных суффиксов. В отличие от фамилий на «-ин» (от основ на -а/-я), здесь основа оканчивается на согласный, поэтому и появился суффикс «-ев».

Интересная деталь: фамилия Шкуев встречается не только у русских, но и у осетин. В осетинском языке «шкуй» может быть заимствованием из тюркских языков, где «шкуй» означало «кожа, шкура». Возможно, предок-осетин занимался выделкой кож или был скорняком. Однако для русской ветви фамилии версия с бранным прозвищем выглядит убедительнее — таких «характеристических» фамилий в крестьянской среде было множество.

Географически фамилия Шкуева чаще всего фиксируется в Центральной России и Поволжье. В дореволюционных переписях носители фамилии были преимущественно крестьянами и мещанами. Социальный статус невысокий, что вполне согласуется с прозвищным происхождением: в среде, где не было фамильных традиций, прозвище могло закрепиться за семьёй и стать официальной фамилией.

Если говорить о редком суффиксе, то здесь его нет — «-ев» один из самых распространённых. Но сама основа «шкуй» нечастая. Для сравнения: однокоренные фамилии Шкурин, Шкуратов, Шкуркин образованы от других форм того же корня («шкура», «шкурить»), а Шкуев стоит особняком, так как исходное слово «шкуй» в современном языке почти исчезло.