Фамилия Шкунаев — редкий случай, когда за основу взято не имя, не ремесло и не географическое название, а, скорее всего, диалектное прозвище. Словообразовательная модель проста: суффикс -ев указывает на принадлежность («чей?»), а корень — шкун-. Самая вероятная версия — связь с диалектным словом «шкуна» или «шкунь», которое в некоторых говорах означало «скупой, жадный человек» или, напротив, «хитрый, изворотливый». В ономастике такое явление встречается: прозвища по чертам характера давали охотно, и они закреплялись в фамилиях. Менее распространённая гипотеза — связь с названием судна «шкуна» (шхуна), но тогда основа звучала бы как Шхун- или Шкун-, а носитель прозвища мог быть моряком или судовладельцем. Однако для русской глубинки, где фамилия бытует, морская версия выглядит натянутой.

Географически Шкунаевы встречаются в Поволжье и на Урале, особенно в Пермском крае и Кировской области. Это косвенно подтверждает диалектное происхождение: именно в северных и восточных говорах сохранились слова с корнем «шкун-» в значении «скупость» или «хитрость». В документах XVIII–XIX веков фамилия могла записываться как Шкунаевъ, без вариантов — окончание -ев указывает на русскую, а не украинскую или белорусскую основу.

Суффикс -ев, а не -ов, говорит о том, что исходное прозвище оканчивалось на мягкий согласный или -й: Шкунай, Шкунь. Встречается и параллельная форма Шкунин — с суффиксом -ин, что типично для прозвищ на -а/-я. Обе версии указывают на одну и ту же модель: прозвище → фамилия по отцу.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Шкунов, Шкурин — показывает, что корень «шкур-» (от «шкура», «шкурить») более распространён и связан с ремеслом кожевника или торговлей мехами. Шкунаев стоит особняком: его основа не имеет очевидного «профессионального» следа, что усиливает версию о прозвище по характеру. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» такая модель не выделяется отдельно, но вписывается в общий ряд прозвищных фамилий на -ев.

Таким образом, предок Шкунаевых — человек, которого в деревне прозвали Шкунаем: возможно, прижимистым хозяином или, наоборот, ловкачом. Точное значение утрачено вместе с диалектом, но фамилия сохранила этот оттенок.