Фамилия Шкуёнок — редкий пример белорусской модели фамилии, сохранившей уменьшительно-ласкательный суффикс -ёнок. В восточнославянской ономастике этот суффикс типичен для фамилий, образованных от прозвищ или названий профессий, и указывает на молодое существо или потомка: буквально «маленький шкура» или «сын Шкуры». Основа «шкур-» восходит к слову «шкура» — кожа животного, снятая с туши. В старину так могли прозвать кожевника, скорняка или человека, торгующего шкурами. В белорусских говорах слово «шкура» иногда переносилось на скупого, жадного человека («обдирала»), но для фамилии более вероятно ремесленное значение.

География фамилии почти целиком привязана к Беларуси и приграничным районам России, особенно к Витебской и Могилёвской областям. Суффикс -ёнок (в русской передаче часто -онок) характерен для восточной и центральной Беларуси, где фамилии на -ёнок, -ик, -чик встречаются чаще, чем на западе. В России такая модель редка и воспринимается как однозначно западнорусская или белорусская.

В отличие от более распространённых Шкуров, Шкуратов или Шкурко, фамилия Шкуёнок сохранила архаичную форму, не перешедшую в стандартные патронимические суффиксы -ов/-ев. Это говорит о том, что фамилия закрепилась в крестьянской среде до эпохи массовой паспортизации XIX века, когда чиновники часто «обрубали» непривычные окончания. Шкуёнок — живое свидетельство того, что в белорусских деревнях прозвища могли напрямую становиться фамилиями, минуя канцелярскую переделку.

Споров о происхождении основы почти нет: все версии сходятся на «шкуре» как исходном слове. Альтернативная гипотеза — связь с диалектным «шкулить» (жадничать) — слаба, так как глагол дал бы форму Шкулёнок, а не Шкуёнок. Таким образом, предки носителя фамилии с высокой вероятностью имели дело с выделкой кож или мехов — ремеслом, которое в белорусских местечках было обычным для целых слобод.