Фамилия Шкыря — редкий случай, когда основу почти наверняка можно связать с конкретным украинским или южнорусским диалектным словом, а не с крестильным именем или профессией. В центре внимания здесь не суффикс, а само прозвище, которое и стало фамилией без изменений.

В украинских говорах «шкыря» — это либо «шкура, кожа», либо, в переносном смысле, «скупой, жадный человек» (как вариант — «кожура», «шелуха»). Слово того же корня, что и «шкура», но с характерным южнорусским и украинским «ы» на месте «у». Скорее всего, фамилию получил либо человек с прозвищем Шкыря — за скупость, либо, что менее вероятно, кожевник или торговец кожами. В пользу прозвищного происхождения говорит и то, что фамилия осталась в начальной форме: в русской традиции её могли бы «обрусить» суффиксом — Шкырев, но здесь она закрепилась как есть, что типично для украинской ономастики.

География фамилии сегодня подтверждает её корни. Основная масса носителей сосредоточена на востоке Украины (Харьковская, Сумская области) и в прилегающих областях России (Белгородская, Курская). Это зона, где украинские говоры переходят в южнорусские, и где слово «шкыря» было в ходу. Встречаются также варианты написания Шкиря — с «и» вместо «ы», что связано с разной передачей одного и того же звука в документах.

С точки зрения словообразования, фамилия уникальна тем, что не имеет патронимического суффикса. Это так называемая «фамилия-прозвище» в чистом виде, что для русского языка редкость, а для украинской традиции — обычное дело. Если бы предок был записан в ревизских сказках как Шкыря, его потомки так и остались Шкырями, не переделывая фамилию в «Шкырины» или «Шкырёвы».

Спорных версий практически нет: связь с тюркскими корнями (например, «шкыр» — «грязь» в некоторых тюркских языках) возможна, но маловероятна, так как слово имеет прозрачную славянскую этимологию и чёткую диалектную привязку. Фамилия не принадлежала к дворянским родам и не внесена в родословные книги — это типичная крестьянская или казацкая фамилия, которая возникла в среде, где прозвища давали по яркой черте характера или внешности.