Фамилия Шлакунова — женская форма фамилии Шлакунов, и её происхождение связано с прозвищем или профессией предка. Основа фамилии — слово «шлак», которое в русских говорах имело два основных значения. Первое — отходы металлургического производства, застывшая масса после плавки руды. Второе, диалектное, — «шлак» могло означать «негодный, пустой человек» или же «хлам, мусор». Соответственно, прозвище Шлак могли дать либо человеку, работавшему с металлом (например, на заводе или в кузнице, где шлак был обычным делом), либо, в переносном смысле, неряшливому или никчёмному человеку.

Суффикс -ун- в основе Шлакун- — редкий и выразительный. В русской ономастике он часто указывает на деятеля или обладателя яркого признака: говорун, бегун, крикун. Шлакун — тот, кто связан со шлаком, либо производит его, либо постоянно с ним возится. Форма на -ов- (Шлакунов) — стандартный патронимический суффикс, означающий «сын Шлакуна» или «принадлежащий Шлакуну». Таким образом, фамилия образовалась по модели «прозвище + уменьшительно-характеризующий суффикс + фамильный суффикс».

Географически фамилия Шлакунова встречается в основном на юге России и в Поволжье, что косвенно указывает на связь с регионами, где были развиты металлургические промыслы или кузнечное дело. В дореволюционных переписях носители этой фамилии фиксировались чаще среди крестьян и мещан, а не дворян, что подтверждает её «ремесленное» или прозвищное происхождение.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с тюркскими языками, где «шлак» могло быть искажённым заимствованием или звукоподражанием. Однако в русском контексте эта гипотеза слабая, так как слово «шлак» прочно вошло в язык именно из металлургии через немецкое Schlacke. Поэтому основная версия — прозвище по роду занятий или характеру, закреплённое в фамилии через характерный суффикс.

Сейчас фамилия редкая, что делает её особенно ценной для генеалогического поиска: каждый носитель, скорее всего, связан с небольшим кругом предков, а не с массовым распространением.