Фамилия Шлаптун — редкая и звучит нехарактерно для русского уха. Её происхождение, скорее всего, не славянское, а немецкое или еврейское (ашкеназское), и связано оно с профессией или прозвищем. Основа фамилии — слово «шлап» (нем. Schlapp — «вялый», «слабый», «обвислый») или диалектное «шлаппен» (болтаться, шлёпать). Суффикс «-ун» в этой модели — не уменьшительно-ласкательный, а скорее словообразовательный, характерный для немецких фамилий, образованных от глаголов или прилагательных (сравните с фамилиями типа Шаптун, Шептун, где «-ун» указывает на деятеля). Таким образом, Шлаптун могло означать «шлёпающий», «вялый человек» или, если отталкиваться от другого значения, — прозвище того, кто носит просторную, болтающуюся одежду (от Schlapphut — «шляпа с обвисшими полями»).

Географически фамилия тяготеет к западным регионам бывшей Российской империи: Беларусь, Украина, западные губернии России. Это объясняется тем, что носители немецких или еврейских фамилий с такой основой селились в черте оседлости или в немецких колониях Поволжья и Причерноморья. В русском языке фамилия могла подвергнуться вторичной адаптации: ударение сместилось на последний слог (Шлапту́н), а само слово стало восприниматься как фамилия с типичным для южнорусских говоров окончанием «-ун» (как Говорун, Скакун). Однако в отличие от славянских «говорунов» и «скакунов», корень здесь иноязычный.

Есть и альтернативная, более прозаичная версия: фамилия могла быть искусственно образована от аббревиатуры или акронима, что практиковалось в среде кантонистов или при записи еврейских фамилий в XIX веке. Но это лишь гипотеза без документальных подтверждений. Более правдоподобно видеть в Шлаптуне профессиональное или прозвищное имя ремесленника — возможно, портного, который «шлёпал» утюгом, или человека с характерной походкой. В любом случае, фамилия недвусмысленно указывает на своего первого носителя как на человека с заметной внешней или поведенческой чертой, закреплённой в прозвище.