Фамилия Шлковская — редкий случай, когда написание расходится с произношением и затемняет происхождение. На слух она почти неотличима от гораздо более распространенной Шелковской, и логичнее всего предположить, что перед нами именно её вариант — с диалектным или просторечным «ш» вместо «шё» (ср. «шлк» вместо «шёлк»). Однако в русской ономастике зафиксирована и другая основа: топоним Шелково (или Шёлково) дал фамилию Шелковский, а её фонетический дублет Шлковский/Шлковская — уже вторичное образование, возникшее из-за местного говора или ошибки писаря при записи. Получается, что носительница фамилии Шлковская, скорее всего, потомок человека, которого записали «на слух» — с редуцированным гласным в корне.

Суффикс -ск- указывает на географическое происхождение: так образовывали фамилии дворян и духовенства по названию поместья или села, но в XIX веке эта модель стала массовой у всех сословий. Если отталкиваться от версии «шелковый», то предок мог быть либо выходцем из села Шёлково (такие есть в Московской, Костромской, Владимирской областях), либо человеком, связанным с шёлковым производством — ткачом, купцом, красильщиком. Второй вариант менее вероятен для фамилии на -ский: ремесленные прозвища обычно давали суффиксы -ов/-ев (Шелковников, Шелкопрядов), а -ский крепили к месту.

Написание с одной «л» (Шлковская, а не Шёлковская) — не опечатка, а устойчивая особенность. В дореволюционных метрических книгах встречаются обе формы, причём вариант без «ё» нередок в южнорусских и белорусских говорах, где «о» после шипящих переходило в «ы» или редуцировалось. Поэтому географический ареал фамилии стоит искать не в центральных великорусских губерниях, а на западе и юге исторической России — в Черниговской, Полтавской, Могилёвской губерниях, где «шолковый» произносили как «шлковый».

Спорных версий две, и обе слабы. Первая — от слова «шлык» (старинный головной убор, колпак), но фамилия Шлыков существует отдельно, а суффикс -ский к прозвищу «Шлык» приставили бы редко. Вторая — от польского szłk (шум, гам), но это чисто умозрительная конструкция без опоры на реальные документы. Без генеалогического исследования точнее не скажешь, но практика показывает: девять из десяти «шлковских» — это «шелковские», записанные с местным произношением.