Фамилия Шлковский — редкий случай, когда написание расходится с произношением и вводит в заблуждение. На слух она звучит как «Шелковский», и именно так её чаще всего записывали в документах. Вариант «Шлковский» — результат упрощения или диалектного произношения, где безударная «е» редуцировалась до «и» или вовсе выпала, а на письме закрепилась без гласной. Такое встречается в фамилиях, которые долго бытовали в устной форме, особенно в среде малограмотного крестьянства.

По словообразовательной модели это типичная дворянская или польско-шляхетская фамилия на -ский, указывающая на географическое происхождение. Основа «Шелк-» или «Шёлк-» могла относиться к названию места — например, села Шелково, Шелковка или урочища Шелковый. Такие топонимы встречаются в центральной России и на Украине, особенно в зонах исторических шёлковых мануфактур или торговли шёлком. Владельцы фамилии Шлковский, скорее всего, были выходцами из такого поселения, а их предки — либо мелкопоместные дворяне, либо зажиточные крестьяне, получившие фамилию по месту жительства.

Есть и более прозаичная версия: фамилия могла образоваться от прозвища Шёлк, которое давали человеку с мягкими, «шёлковыми» волосами или характером. В этом случае суффикс -овский (в стяжённой форме -ский) указывает на принадлежность: «сын Шёлка». Но вариант с топонимом выглядит убедительнее, потому что фамилии на -ский в русской традиции редко образуются от прозвищ — это характерно скорее для украинской или польской ономастики.

В исторических документах фамилия Шлковский встречается спорадически, чаще в варианте Шелковский. В XIX веке носители зафиксированы среди мещан и купцов западных губерний, особенно в Могилёвской и Витебской. В советское время написание могло упроститься из-за ошибок переписчиков или сознательного отказа от «лишних» букв. Сегодня Шлковские живут в России, Беларуси и на Украине, но фамилия остаётся малочисленной — её обладатели, скорее всего, потомки одной или нескольких семей, разошедшихся по разным регионам.