Фамилия Шальковский — типичный пример «географической» фамилии, образованной по польско-белорусской модели с суффиксом -ский. Этот суффикс указывал на связь с местностью: так называли дворянина, владевшего поместьем, или человека, родом из определённого села. Основа Шальк- восходит к названию населённого пункта вроде Шальково, Шальки или Шальков. Такие топонимы встречаются в Беларуси и на западе России (например, деревня Шальково в Витебской области), а также в Польше, где фамилия могла звучать как Szalkowski.

Корень «шаль» в славянских языках неоднозначен. Наиболее вероятная версия — отчество от прозвища Шаль, которое в древнерусских говорах означало «шалун», «озорник» или «безумец» (ср. «шаль» — дурь, удаль). В этом случае Шальковский — потомок человека по прозвищу Шаль. Менее распространённая гипотеза связывает основу с диалектным «шаль» — «шальная, бешеная» (о реке или ветре), что могло дать имя речке, а затем и деревне. Третья версия — от польского szal (шаль, платок), но для фамилии это маловероятно: прозвища по предметам одежды обычно давали торговцам, а не землевладельцам.

Фамилия Шальковский — относительно редкая. В России она встречается в основном в западных регионах (Смоленская, Псковская, Брянская области), что подтверждает её западнорусское или белорусское происхождение. В дворянских родословных книгах эта фамилия не числится среди столбовых родов, но могла принадлежать мелкопоместной шляхте или однодворцам, переселившимся в центральные губернии. В польской среде Szalkowski — фамилия шляхетская, известная с XVI века.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Шаль, Шальков, Шалькин) показывает, что Шальковский — самая «длинная» форма, подчёркивающая именно территориальную принадлежность, а не просто отчество. Если Шальков мог стать сыном Шаля, то Шальковский — это уже «тот, кто из Шалькова». Такое различие в суффиксах часто стирается в быту, но для историка фамилий оно принципиально: оно указывает на разный социальный статус предков.