Фамилия Шалькин — редкий случай, где основа почти наверняка связана не с именем, а с прозвищем, и сразу вызывает вопрос: от какого слова? Самый прямой путь — от глагола «шалить» (проказничать, баловаться). В этом случае Шалька — прозвище озорного, непослушного человека, того, кто любит дурачиться или пакостить. Суффикс -ин, как обычно, указывает на принадлежность: «сын Шальки» или «человек из семьи Шальки».

Однако есть и другая, менее очевидная, но более старая версия. В северных и сибирских говорах «шалька» — это не проказник, а… шапка-ушанка или меховая опушка на шапку. Слово тюркского происхождения (сравните с казахским «шал» — платок, чалма). В таком случае прозвище Шалька мог получить либо тот, кто торговал шапками или шил их, либо человек, носивший заметный, необычный головной убор. Эта версия правдоподобна для регионов, где фамилия встречается чаще — например, в Вятской губернии и на Урале, где были сильны тюркские и финно-угорские языковые контакты.

Словообразовательно фамилия проста: основа «шальк-» (от Шалька) плюс типичный русский суффикс -ин, образующий притяжательные фамилии от прозвищ на -а, -я. Это старейшая модель русских фамилий, особенно распространённая в Новгородской земле и на Русском Севере. Сословная принадлежность Шалькиных могла быть разной: от крестьян до купцов, но точных исторических данных о каком-то одном роде нет. Главное, что фамилия не книжная и не искусственная — она родилась из живого прозвища, и за ней стоит либо характер, либо ремесло предка.