Фамилия Шальковская — женская форма от Шальковский, и её разумнее всего анализировать как фамилию с типичным польско-украинским суффиксом -ский/-цкий. Этот суффикс в восточнославянских фамилиях указывал либо на дворянское происхождение (шляхта), либо на принадлежность к месту — селу или усадьбе. В случае Шальковской перед нами, скорее всего, топонимическая фамилия: её основатель получил прозвание по названию населённого пункта Шальково, Шальковичи или Шальков. Такие деревни встречаются в Беларуси и на западе России, особенно в Смоленской и Брянской областях, что исторически были зоной польского и литовского влияния.

Корень фамилии — Шальк- — вызывает вопросы. Самая прямая версия: от прозвища Шалько, которое образовано от глагола «шалить» (проказник, озорник). В старых говорах «шаль» означала «дурь, причуда», а «шальной» — «безумный, взбалмошный». Однако не стоит торопиться с этим значением: в польском языке есть слово szal (шаль) — «бешенство, ярость», а также szalik — «шарф». Но правдоподобнее, что в основе лежит диалектное «шалька» — так в некоторых регионах называли небольшую деревянную чашу или ковш, то есть прозвище могло относиться к ремеслу бондаря или к человеку с круглой головой.

Вторая, более редкая, версия ведёт к литовскому корню šal- («сторона, край»). В Литве и на белорусско-литовском пограничье фамилии с основой Šal- нередки, и Шальковский могло быть адаптированной формой литовской фамилии Šalkauskas. В таком случае предок был человеком «с края», из отдалённой местности.

По сословной принадлежности: фамилии на -ский в Российской империи часто носило духовенство (семинаристы получали фамилии по названиям церквей или сёл) и мелкопоместная шляхта. Шальковская могла принадлежать и той, и другой группе. Если в основе лежало село Шальково, то предок был либо священником, либо землевладельцем, чьи крестьяне затем взяли ту же фамилию по месту жительства.

Ударение в фамилии, скорее всего, падает на второй слог: Шалько́вская. Встречается и вариант с ударением на первый слог, но это редкость, свойственная северным говорам.