Фамилия Шалькина — женская форма, мужская, соответственно, Шалькин. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Шалька. Самая вероятная версия связывает его с глаголом «шалить» — в древнерусском языке это значило не только «проказничать», но и «дурить, бедокурить». Шалькой могли назвать озорного, непоседливого ребёнка или взрослого, склонного к выходкам. В некоторых говорах «шаль» означала «дурь, дурь», а «шальной» — «глуповатый, бестолковый», так что прозвище могло относиться к человеку с причудами.

Менее распространённая версия — связь с диалектным «шалька» в значении «вид женского головного убора» или «платок». В этом случае прозвище могла получить мастерица, торговавшая платками, или женщина, носившая заметный убор. Но это предположение строится на единичных фиксациях слова и уступает первой версии по распространённости.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Шалькин — «чей?» — сын Шальки. Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ и имён на -а, -я. По сословному составу Шалькины могли быть крестьянами или посадскими людьми — в дворянской среде фамилии на -ин с такой основой почти не встречаются. В писцовых книгах и ревизских сказках фамилия встречается в центральных и северных губерниях, реже — на юге.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Шалимов, Шальнов, Шалый, — то Шалькин стоит ближе к уменьшительно-обиходной форме. То есть предок, скорее всего, носил не просто прозвище Шалый, а именно Шалька — что звучало фамильярно, по-домашнему. Такое именование часто закреплялось за младшими в семье или за теми, кого в окружении звали уменьшительно.