Фамилия Шлытов — один из тех случаев, когда за основой стоит не имя, а прозвище, причём с неожиданным смысловым поворотом. Слово «шлык» в старых русских говорах означало не всякий головной убор, а именно высокий колпак, остроконечную шапку, которую носили крестьяне в некоторых регионах. От этого слова и пошла фамилия: Шлыт — человек, который либо сам носил такой колпак (возможно, выделяясь среди других), либо, что вероятнее, шил их — то есть был мастером-шапочником. Суффикс -ов указывает на принадлежность: «Шлытов» буквально значит «сын Шлыта» или «из семьи Шлыта».

Есть и вторая версия, которую приводят ономасты, но с оговоркой. В некоторых говорах «шлык» или «шлычок» называли также часть женского головного убора — подзатыльник или очелье. Тогда прозвище Шлык мог получить человек, постоянно носивший такой убор, или же тот, кто их изготавливал. Однако мужская фамилия, скорее, отсылает к мужскому прозвищу, а не к женскому аксессуару. Первая версия — с остроконечной шапкой — выглядит убедительнее.

Фамилия Шлытов — типичная для центральных и северных областей России. Встречается в старых переписях в Вятской, Костромской, Владимирской губерниях, что косвенно подтверждает её связь с крестьянским бытом. Шапочное ремесло было распространённым, но не самым богатым, так что предки Шлытовых, скорее всего, были людьми незнатными, но с узнаваемым прозвищем, которое закрепилось за родом.

Интересно, что фамилия не имеет вариантов с другими суффиксами — нет Шлыкина или Шлыкова (хотя Шлыков тоже встречается, но реже). Это говорит о том, что прозвище Шлыт (или Шлык) было устойчивым и не переосмысливалось в уменьшительную форму. По модели образования Шлытов — ровесница таких фамилий-прозвищ, как Колпаков, Калашников, Шаповалов, но с более узкой и конкретной отсылкой к деталям одежды.