Фамилия Шлюпяков — один из тех случаев, когда внешне прозрачная основа (шлюпка, шлюп) на поверку оказывается обманчивой. Прямая связь с лодкой «шлюпка» маловероятна: в русских говорах это слово появилось поздно, при Петре I, и фамилии от него в крестьянской среде почти не встречались. Скорее всего, перед нами диалектное прозвище, образованное от глагола «шлюпать» — идти по грязи, шлёпать, чавкать (ср. со «шлёпать»). Так могли назвать человека неопрятного, медлительного или того, кто работал в сырости, например, на болотистых покосах.

Суффикс -яков указывает на типичную для северо-восточных и центральных областей России модель образования фамилий от прозвищ на -як: Шлюпяк — Шлюпяков. Буква «я» в корне — результат фонетического смягчения (аканье на письме), поэтому в документах XVII–XVIII веков фамилия могла писаться и как Шлюпаков. Форма без смягчения (Шлюпаков) встречается, но реже.

Есть и вторая, более редкая версия: прозвище Шлюпяк могло быть связано с диалектным «шлюп» — нечто свисающее, обвисшее (например, отвислая губа или мешковатая одежда). В этом случае фамилия носила бы описательный характер, указывая на внешнюю особенность предка.

Географически фамилия тяготеет к Вологодской, Костромской и Архангельской областям — регионам, где сохранились старые севернорусские говоры с характерным произношением. Встречается она нечасто, что подтверждает её узколокальное происхождение. Социальный состав носителей в XIX веке — преимущественно государственные крестьяне, реже — мещане.

Таким образом, Шлюпяковы — потомки человека, которого в деревне прозвали за походку, неопрятность или внешность. Никакой связи с морем или кораблестроением здесь нет, несмотря на «лодочное» звучание.