Фамилия Шлюпов — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка связано с конкретным предметом, а не с именем или качеством человека. Корень здесь — «шлюп». В русском языке этим словом называли небольшое гребное или парусное судно: шлюпку, лодку. Такое прозвище мог получить либо тот, кто строил шлюпы (судостроитель, плотник на верфи), либо тот, кто на них плавал — матрос или лодочник. В поморских и приволжских говорах слово «шлюп» могло означать и просто «лодка», так что прозвище могло закрепиться за перевозчиком или рыбаком.

Суффикс -ов указывает на стандартную модель русских фамилий, образованных от прозвищ или профессий: «чей сын?» — Шлюпов, то есть сын Шлюпа. Эта модель особенно активно работала в XVI–XVII веках, когда фамилии закреплялись за крестьянами и посадскими людьми. В отличие, например, от фамилий на -ин (от основ на -а/-я), здесь основа твёрдая, мужского рода, что типично для прозвищ, обозначающих предметы.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с диалектным глаголом «шлюпать» (шлёпать, хлюпать, идти по грязи). В этом случае Шлюпом могли прозвать неопрятного или неуклюжего человека. Однако эта гипотеза слабее: фамилии от звукоподражательных глаголов с таким суффиксом встречаются реже, а для «шлюпа» в значении «судно» есть прямые параллели в ономастике — фамилии Лодкин, Ботиков, Катерников.

Географически фамилия Шлюпов привязана к северным и центральным регионам России, где было развито речное и морское судоходство. Встречается она нечасто, и это как раз тот случай, когда редкость — не повод для спекуляций, а прямое указание на узкопрофессиональное происхождение: строительство или использование шлюпов было делом не массовым, а цеховым. Среди носителей фамилии не числится громких исторических фигур, что подтверждает её «рабочий» характер — предки Шлюповых, скорее всего, были мастеровыми людьми или служилыми низшего ранга на водном транспорте.