Фамилия Шлюпиков — редкий случай, когда исходное слово почти наверняка связано с конкретным ремеслом или занятием, а не с именем или географическим названием. В её основе лежит слово «шлюпка» — небольшая гребная или парусная лодка. В русский язык оно попало из голландского (sloep) через Петровскую эпоху, когда строительство флота принесло множество морских терминов. Соответственно, прозвище Шлюпик могли дать человеку, который имел отношение к лодкам: лодочнику, перевозчику, рыбаку или мастеру, делавшему шлюпки.

Суффикс -ик- в основе указывает на уменьшительную или профессиональную форму: шлюпик — это не просто лодка, а, скорее, человек, связанный с ней (по аналогии с «рыбак» — «рыбик», «сапожник» — «сапожик»). Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Шлюпик- добавили патронимический суффикс -ов, означающий «сын Шлюпика» или «из семьи Шлюпиковых». Таким образом, первый носитель фамилии был потомком человека, которого в округе знали как Шлюпика.

Интересно, что фамилия Шлюпиков практически не встречается в центральных губерниях России. Её ареал — северные и северо-западные регионы, особенно Архангельская, Вологодская области и Карелия, а также районы, прилегающие к крупным рекам и озёрам. Там, где лодка была основным средством передвижения и промысла, прозвище было уместным и понятным. В южных или сибирских регионах, где использовали другие названия для лодок (баркас, челн, душегубка), эта фамилия почти не встречается.

В ономастических словарях фамилия Шлюпиков не описана, что подтверждает её локальный характер. Спорных версий происхождения практически нет: связь с «шлюпкой» — единственная убедительная гипотеза. Альтернативные объяснения (например, от диалектного «шлюпать» — шлёпать, или от фамилии Шлёпиков) маловероятны, так как не объясняют специфического корня. По сословному составу носители фамилии — почти всегда крестьяне или ремесленники, жившие у воды. Дворянских родов Шлюпиковых не зафиксировано.