Фамилия Шлюпко звучит необычно для русского уха, и это не случайно. Скорее всего, перед нами фамилия украинского происхождения, что выдает характерный суффикс -ко. В украинской ономастике этот суффикс очень распространен и выполняет роль уменьшительности или принадлежности: он превращает прозвище или имя в фамилию, отвечающую на вопрос «чей?» или «чьих будете?». Таким образом, Шлюпко — это «сын» или «потомок» человека по прозвищу Шлюпка.

Корень «шлюп-» сразу отсылает к морскому делу. Шлюпка — это небольшая гребная или парусная лодка. В русский язык слово попало из голландского (sloep) во времена Петра I, когда активно заимствовалась корабельная терминология. Однако прозвище Шлюпка вряд ли дали человеку за обладание лодкой — это было бы слишком буквально. Скорее, так могли прозвать моряка, который служил на шлюпке, или человека невысокого роста, плотного телосложения, напоминающего по форме эту лодку. В переносном смысле «шлюпкой» могли назвать и неуклюжего, медлительного человека — по аналогии с тяжелым ходом груженой лодки.

Встречается и другая, менее вероятная версия. В некоторых южнорусских и украинских говорах «шлюпка» могла означать нечто вроде «шлепок», «оплеуха» — от глагола «шлюпать» (шлепать). Тогда прозвище Шлюпка мог получить драчун или, наоборот, человек, который часто получал тумаки. Но эта версия слабее, так как слово «шлюпка» в значении «лодка» закрепилось в языке гораздо прочнее.

Географически фамилия Шлюпко тяготеет к югу России и востоку Украины. Ее можно встретить в Ростовской области, Краснодарском крае, а также в Харьковской и Днепропетровской областях. Носители этой фамилии, вероятно, происходят из казачьих или крестьянских семей, живших вблизи рек или моря. Морская тематика в основе фамилии — не обязательно признак профессионального моряка: в тех краях лодка была обычным крестьянским инвентарем для рыбалки и переправы.

С точки зрения словообразования, фамилия Шлюпко стоит в одном ряду с такими же украинскими фамилиями на -ко, образованными от прозвищ: Бондаренко, Шевченко, Коваленко. Только основа здесь не ремесленная, а бытовая или прозвищная. Сословно фамилия недворянская: суффикс -ко в малороссийской среде был типичен для казаков и крестьян, а не для шляхты.