Фамилия Шлюпкин — редкий случай в русском ономастиконе: её основа не тянет ни на крестильное имя, ни на профессию, ни на внешний признак вроде «лысый» или «горбатый». Всё упирается в слово «шлюпка» — небольшая гребная или парусная лодка. Казалось бы, прозвище Шлюпка могли дать лодочнику, перевозчику или тому, кто строил лодки. Но здесь есть нюанс: в русских говорах «шлюпка» не была такой уж ходовой, как, скажем, «лодка» или «челн». Это слово пришло из голландского sloep через петровскую эпоху, когда на Русь хлынула морская терминология. Поэтому Шлюпкин — фамилия с явным «морским» следом, но не обязательно профессиональным.

Вероятнее всего, прозвище Шлюпка закрепилось за человеком, который служил на шлюпке — матросом, гребцом или лоцманом на малом судне. В XVIII–XIX веках такое могли дать на флоте или на речных верфях, особенно в регионах, связанных с судоходством: на Волге, Неве, Дону. Фамилия образована по стандартной модели: прозвище на -а плюс притяжательный суффикс -ин, означающий «чей?» — то есть «сын Шлюпки». Суффикс -ин указывает на принадлежность к роду, и это типично для русских фамилий, возникших из прозвищ (ср. Пушкин, Кузьмин).

Встречается и менее очевидная версия: от слова «шлюп» — голландский тип парусного судна. Но «шлюп» дал бы фамилию Шлюпов, а не Шлюпкин, так что здесь скорее уменьшительная форма «шлюпка». В редких говорах «шлюпкой» могли называть не только лодку, но и неуклюжего человека — по аналогии с «колодой» или «чурбаном», но это предположение не подкреплено диалектными словарями.

С географией сложно: фамилия нечастотная, в дореволюционных переписях почти не мелькает. Встречается в основном на северо-западе России (Петербургская, Новгородская губернии) и в Поволжье — там, где была развита речная навигация. Сословно Шлюпкины, скорее всего, из крестьян или мещан, приписанных к речному промыслу, реже — из отставных матросов. Дворянских родов с такой фамилией нет.

Если сравнивать с однокоренными, то Шлюпкин стоит в одном ряду с Боткиным (от «бот» — лодка) и Лодкиным, но уступает им по распространённости. Интересно, что в XIX веке встречалось написание «Шлюпкинъ» — с твёрдым знаком на конце, что типично для фамилий до реформы орфографии 1918 года. В современной России фамилия редкая, её носители разбросаны по всей стране, но явного «гнезда» не образуют.