Фамилия Шлюйкова образована от прозвища Шлюйк, которое восходит к польскому szluik, что в переводе на русский язык означает «плач». Можно предположить, что такое прозвище получил крикливый ребенок. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Шлюйк, со временем получил фамилию Шлюйков.