Фамилия Шулюпов — редкий случай, когда угадать основу с ходу почти невозможно. Если отбросить версию о тюркском происхождении (а она напрашивается из-за звучания), то наиболее правдоподобное объяснение лежит в русских диалектах. В говорах Вологодчины и Архангельской области слово «шулюп» означало нечто вроде «оборвыш», «неопрятный человек» или просто «плохо одетый». Прозвище Шулюп давали неопрятному или нерасторопному мужику, а его сын уже становился Шулюповым.

Суффикс -ов указывает на стандартную русскую патронимическую модель: «чей сын?» — Шулюпов. То есть фамилия образована напрямую от прозвища отца, без промежуточных форм. Это говорит о том, что закрепилась она в среде крестьян или посадских людей, где фамилии часто возникали стихийно, из бытовых характеристик человека.

Встречается Шулюпов преимущественно на севере и северо-востоке Европейской России — в Кировской, Вологодской, Костромской областях. В старых переписях эта фамилия почти не фиксируется, что характерно для «простых» прозвищных фамилий, которые долго не попадали в официальные документы. В XIX веке носители фамилии числились в основном государственными крестьянами и мещанами.

Менее убедительная версия выводит Шулюпова от тюркского имени или слова (например, от «шулюк» — «подарок»), но она не подкреплена географией фамилии: основная масса Шулюповых сосредоточена в русских северных регионах, где тюркское влияние минимально. Скорее всего, это чисто русское прозвище, сохранившее местный диалектный корень, который в литературном языке уже не употребляется.