Фамилия Шулюпина — это женская форма фамилии Шулюпин, и её происхождение связано с прозвищем или именем, которое легло в основу. Разбор начинается с корня «шулюп-», который не является ни очевидным славянским, ни распространённым тюркским, что делает фамилию редкой и интересной для этимолога. Скорее всего, в основе лежит диалектное слово «шулюпать» — в некоторых южнорусских и украинских говорах оно означало «хлюпать», «шлёпать по воде», «идти вперевалку». Прозвище Шулюпа могли дать человеку с характерной походкой, например, тому, кто ходил, шаркая ногами или громко ступая по лужам. Менее вероятная версия — связь с «шулюпкой» (мелкой рыбёшкой или чем-то незначительным), но это требует дополнительных диалектных подтверждений.

Суффикс «-ин» указывает на типичную русскую модель образования: Шулюпин — «чей?» — сын или потомок Шулюпы. Фамилия закрепилась в основном в центральных и южных регионах России, а также на Украине, где подобные прозвища были особенно живучи. Встречается она нечасто, и это говорит о том, что родоначальник был человеком с яркой, запоминающейся чертой, но не принадлежал к многочисленному сословию. В отличие от фамилий на «-ов», образованных от полных имён, Шулюпин стоит в ряду прозвищных фамилий, которые часто возникали стихийно, в крестьянской или мещанской среде.

Если сравнивать с однокоренными, то можно вспомнить фамилии Шулюпкин или Шуляпин (с изменённой гласной), но Шулюпина выделяется именно редким корнем. В дореволюционных источниках носители такой фамилии могли быть записаны как Шулюпины или Шулюпины, с двойным «п» — колебания в написании характерны для фамилий, не прошедших строгую канцелярскую унификацию. Сегодня фамилия Шулюпина сохраняет связь с диалектной лексикой и даёт представление о том, как в русской деревне могли «окрестить» человека за его походку или манеру двигаться.