Фамилия Шмагановский образована по типичной для польской и западнорусской шляхты модели: к основе прибавляется суффикс -овский/-евский, указывающий на принадлежность к месту или роду. Это так называемая «географическая» фамилия, которую чаще всего получали дворяне, владевшие поместьем с названием Шмаганово или Шмаганы. Такие топонимы встречаются в исторических документах на территории бывшей Речи Посполитой — современной Беларуси, западной Украины и восточной Польши. Основа «шмага» или «шмаг» могла иметь несколько значений. Самое вероятное — это прозвище от польского или белорусского диалектного слова «шмага» (хлыст, прут, розга). В таком случае прозвище давали либо суровому, требовательному человеку, либо, наоборот, худому и высокому — «длинному, как хлыст».

Менее распространённая, но возможная версия связывает основу с польским глаголом «szmagać» (стегать, хлестать). Тогда Шмагановский — потомок того, кого прозвали Шмаганом, то есть «стегальщиком» или «хлестким». В любом случае, корень — не книжный, а живой, разговорный, из бытовой лексики. Фамилия не относится к числу очень частых, что говорит о её локальном происхождении: носители, скорее всего, происходят из одного или нескольких соседних родов, закрепившихся в определённом регионе.

Словообразовательная модель -овский в этой фамилии работает не столько на указание на владение (как в русских фамилиях на -ов), сколько на принадлежность к шляхетскому сословию. В XVII–XVIII веках многие мелкие дворяне на восточных землях Речи Посполитой брали фамилии по названиям своих усадеб, даже если усадьба была крошечной. Шмагановский — типичный пример такой «усадебной» фамилии, которая со временем закрепилась за потомками и перестала зависеть от реального владения землёй.

Сравнение с однокоренными фамилиями показывает, что вариант на -ский встречается реже, чем просто Шмаганов или Шмагин. Это дополнительно подтверждает, что Шмагановские — не случайные носители прозвища, а, вероятно, потомки одного основателя рода, который первым получил землю или чин. В современной России фамилия встречается рассеянно, без ярко выраженного «гнезда», что характерно для потомков переселенцев с запада, например, после разделов Польши или в ходе столыпинской аграрной реформы.