Фамилия Шмарганова — женская форма от Шмарганов, и её разумнее всего разбирать, отталкиваясь от мужского варианта. В центре внимания здесь не очевидный корень, а редкий суффикс и возможная региональная окраска.

Основа фамилии — «шмарган». Сразу заметно, что это не типичное для русских фамилий образование от канонического имени или профессии. Скорее всего, в основе лежит прозвище Шмарган. В русских говорах, особенно южнорусских и украинских, слово «шмаргать» или «шмаркать» означало «шмыгать носом», «сопеть», а также «тереть», «чесать». Прозвище Шмарган могли дать человеку с привычкой шмыгать носом или, в переносном смысле, — нерасторопному, вялому. Есть и вторая, менее распространённая версия: в некоторых диалектах «шмаргать» — «бить, хлестать», тогда прозвище могло относиться к драчуну или, наоборот, к тому, кого часто били.

Суффикс «-ан» (Шмарг-ан) характерен для прозвищ, образованных от глаголов или звукоподражаний: Дрыган, Толкан, Стукан. Он придаёт основе оттенок многократности или характерного действия. Такая модель типична для восточнославянской, особенно украинской и белорусской, антропонимии. Поэтому фамилия Шмарганов с большой вероятностью имеет западнорусское или малороссийское происхождение.

Дальнейшее оформление — через суффикс «-ов» — стандартно для русской фамильной модели XIX века. Она указывает на принадлежность: «сын Шмаргана». Таким образом, Шмарганов — это потомок человека по прозвищу Шмарган. В словарях фамилий (например, в работах Б. Унбегауна) подобные основы на «шмар-» нечасты, что делает фамилию относительно редкой и локальной.

Встречается она преимущественно в областях, граничащих с Украиной и Белоруссией, а также в центральных регионах России, куда переселялись крестьяне. Сословная принадлежность предков, скорее всего, крестьянская или мещанская — прозвища такого типа редко давались дворянам или духовенству. Фамилия Шмарганова, таким образом, хранит в себе не географию знатного рода, а бытовую, живую деталь из жизни простого человека, получившего меткое уличное имя.