Фамилия Шмаргунова — женская форма фамилии Шмаргунов. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Шмаргун. Такие имена на -ун в русской традиции давали человеку по характерному действию или поведению. Глагол «шмаргать» в ряде говоров означал «бросать, кидать» или «швырять», а в некоторых диалектах — «шарить, рыться». Соответственно, Шмаргуном могли прозвать либо неаккуратного человека, который всё разбрасывает, либо, наоборот, суетливого, постоянно ищущего что-то.

Суффикс -ун в русских прозвищах активен: бегун, крикун, молчун. Шмаргун — из того же ряда. Фамилия образована по стандартной патронимической модели: Шмаргун → Шмаргунов (чей? — сын Шмаргуна) → Шмаргунова. Окончание -а указывает на принадлежность к женскому роду, так что носительница фамилии — потомок того самого Шмаргуна.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и украинским землям. Встречается в Воронежской, Ростовской областях, на Кубани, а также в Белгородчине. В украинском языке есть слово «шмаргати» — «бить, хлестать», что даёт вторую версию: Шмаргун мог быть прозвищем драчуна или человека с резкими, размашистыми движениями.

Интересная деталь: фамилия Шмаргунов — нечастый случай, когда основа не восходит к крестильному имени или профессии, а прямо отражает бытовую характеристику. Среди однокоренных — Шмарга, Шмаргин, Шмаргуненко. Все они держатся в тех же регионах, что подтверждает диалектную природу корня.

Сословных ограничений у фамилии нет: Шмаргуновы могли быть и крестьянами, и мещанами. В документах XVIII–XIX веков эта фамилия фиксируется в основном среди однодворцев и государственных крестьян южных губерний.