Фамилия Шмаргун образована от аналогичного прозвища, которое восходит к слову «шмаргать» («шморгать»), то есть «тереть туда и сюда, шмыгать (ходить). Таким образом, именование Шмаргун могло закрепиться за человеком, который ходит в потертой одежде. Возможно и то, что именование Шмаргун мог получить человек, который шаркал ногами при ходьбе. Согласно еще одной гипотезе, в основе данного прозвища лежит глагол «шморгать» в значении «шмыгать носом, шумно втягивая воздух». В данном случае прозвище Шмаргун закрепилось за человеком, который имел привычку шмыгать носом.