Фамилия Шмаркина — женская форма, в основе которой лежит мужская фамилия Шмаркин. Она образована по стандартной русской модели с суффиксом -ин, который в древнерусском языке указывал на принадлежность: «чей?» — Шмаркин, то есть сын Шмарки. Разговорная форма «Шмарка» — это не полное имя, а скорее всего прозвище или производная от крестильного имени.

Самая вероятная версия связывает основу с именем Шмар, которое является народной формой канонического имени Исидор (в просторечии — Сидор). В русских говорах имя Сидор могло трансформироваться в Шидор, а затем через чередование согласных — в Шмар. Такие фонетические изменения не редкость в диалектной среде: глухой «ш» вытеснял звонкий «с», а гласный «и» переходил в «а» под влиянием акающих говоров. Таким образом, Шмарка — это уменьшительно-пренебрежительная или обиходная форма от Сидора.

Менее распространённая, но допустимая версия — связь с прозвищем Шмарка, которое могло возникнуть от глагола «шмарить» (в южнорусских и украинских говорах — палить, жечь, шпарить). В таком случае прозвище мог получить человек с горячим нравом, либо тот, кто занимался выжиганием угля или обжигом чего-либо. Однако эта гипотеза слабее, так как глагол «шмарить» имеет более позднее и региональное хождение, тогда как имя Сидор было повсеместно распространено.

Географически фамилия Шмаркиных встречается преимущественно в центральных и южных областях России, а также в Поволжье. В исторических документах XVII–XVIII веков упоминаются крестьяне и посадские люди с этой фамилией, что указывает на её крестьянское происхождение. Дворянских родов Шмаркиных не зафиксировано — это фамилия простого сословия, возникшая в среде, где отчество или прозвище отца закреплялось за потомками без изменений.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Шмарков, Шмаров, Шмарев) показывает, что суффикс -ин в «Шмаркине» — самый типичный для русских фамилий от личных имён, оканчивающихся на -а/-я. Если бы основа звучала как Шмарок или Шмарко, появилась бы фамилия Шмарков, но форма Шмарка дала именно Шмаркин. Эта деталь указывает на то, что прозвище или имя предка было именно с окончанием -а, что характерно для уменьшительных форм.