Фамилия Шимаркина — женская форма фамилии Шимаркин, и её происхождение стоит искать не в географическом названии или редком ремесле, а в личном имени или прозвище. Основа фамилии — «Шимарка» — это, скорее всего, уменьшительно-ласкательная или пренебрежительная форма от канонического имени Шима. В православных святцах есть имя Шима (сокращение от Шимон — русская форма Симона), но в народной среде оно могло закрепиться как самостоятельное.

Модель образования типична для русского севера и центральных областей: суффикс -ин указывает на принадлежность «чей?» — Шимаркин, то есть сын или дочь Шимарки. В говорах суффикс -к- в основе часто придавал имени фамильярный оттенок, как в парах Иван — Иванка, Пётр — Петрушка. Поэтому Шимарка могло быть внутрисемейным или деревенским прозвищем человека по имени Шима.

Есть и версия, что Шимарка — не от имени, а от прозвища, связанного с глаголом «шимарить» или диалектным словом «шимара» (в некоторых говорах — нечто мелкое, незначительное, либо бранное обращение). Однако эта гипотеза менее убедительна: фамилии на -ин от прозвищ с таким корнем встречаются редко, и гораздо вероятнее, что перед нами именно патроним (по отцу).

Фамилия Шимаркина не принадлежит к числу дворянских или распространённых по всей России. Её очаги — преимущественно в Вятской и Пермской губерниях, а также в Поволжье. Это согласуется с тем, что имя Шима (Шимон) было популярно именно в старообрядческой среде, которая плотно заселяла эти территории. Таким образом, предки носительницы фамилии с высокой вероятностью были крестьянами-старообрядцами, а сама фамилия — обычный «отчество» по домашнему имени.