Фамилия Шмаркин — наглядный пример того, как прозвище, данное человеку, закрепилось за его потомками на века. Её основа — слово «шмарка», которое в русских говорах имело несколько значений. В одних регионах так называли сопливого, неопрятного человека или ребёнка, в других — нечто мелкое, незначительное. Слово происходит от древнего корня, связанного с выделениями слизи, и родственно диалектным глаголам «шмаркать» (сморкаться) и «шмаркнуть» (ударить, шлёпнуть). Таким образом, первый носитель фамилии получил прозвище за неопрятность или, возможно, в шутку — за маленький рост или слабый характер.

Модель образования типична для русских фамилий: к основе на -а добавляется притяжательный суффикс -ин. Шмаркин дословно означает «сын Шмарки» или «принадлежащий Шмарке». Суффикс -ин характерен для фамилий, образованных от слов женского рода или от прозвищ, оканчивающихся на -а, -я. Сравните: Шишкин, Сорокин, Пушкин. В отличие от фамилий на -ов (от основ мужского рода на твёрдый согласный), Шмаркин указывает на то, что прозвище предка было именно Шмарка, а не Шмарк.

Географически фамилия встречается нечасто, но имеет устойчивые очаги. По данным переписей и современных телефонных справочников, Шмаркины чаще всего встречаются в центральных областях России — Тверской, Ярославской, Костромской, а также на Урале. Это указывает на то, что прозвище было в ходу именно в северо-восточных и центральных говорах. В южнорусских и украинских землях эта фамилия почти не фиксируется, что подтверждает её диалектное происхождение.

В сословном отношении Шмаркины, вероятнее всего, были крестьянами или посадскими людьми. Прозвища, образованные от бытовых черт, редко давали дворянам, которые чаще получали фамилии по названиям поместий или по родословным книгам. В ревизских сказках XVIII–XIX веков люди по фамилии Шмаркин числятся в списках государственных и помещичьих крестьян. Никаких известных исторических деятелей с такой фамилией не зафиксировано, что делает её типичной «народной» фамилией, сохранившей память о конкретном человеке, которого когда-то дразнили за неопрятность или, наоборот, ласково называли «шмаркой» — малышом.