Фамилия Шмарьян — довольно редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В первую очередь бросается в глаза суффикс -ян, который указывает на восточноармянское или южнорусское (кубанское, донское) происхождение. В армянском языке суффикс -ян (-յան) — это патронимический показатель, означающий «принадлежащий к роду такого-то» или «сын такого-то». Если основа фамилии исконно армянская, то Шмарьян — это потомок человека по имени или прозвищу Шмар.

Однако корень «шмар» в русском языке тоже существует, хотя и в сниженной, диалектной лексике. В русских говорах «шмара» или «шмар» могло означать что-то незначительное, мелкое, а также бранное или ироничное прозвище для неопрятного человека. В таком случае фамилия могла возникнуть не в Армении, а в среде русского казачества или крестьянства юга России, где через тюркское или армянское посредство слово прижилось как прозвище, а затем оформилось с типичным русским суффиксом -ян (по аналогии с фамилиями вроде Белоусов — Белоус, но с местным окончанием). Встречается и вариант написания Шмарян, что подтверждает размытость границы между русским и армянским происхождением.

Самая правдоподобная версия — армянская, с основой от личного имени Шмар (возможно, сокращение от Шмавон или Шмарухт) или от топонима Шмар (село в Армении). В таком случае фамилия означает «из рода Шмаров» или «уроженец Шмара». В пользу армянского происхождения говорит и то, что фамилия Шмарьян встречается в исторических документах, связанных с армянскими общинами Крыма и Ростовской области, а не в центральных русских губерниях.

В любом случае, носитель фамилии Шмарьян почти наверняка имеет предков с Кавказа или юга России, а сама фамилия — это либо указание на род занятий или внешности (если прозвищная версия), либо на место рождения (топонимическая версия), либо на имя отца (патронимическая версия). Точный ответ можно дать только после генеалогического исследования конкретной семьи.