Фамилия Шмарыгина — женская форма фамилии Шмарыгин. Чтобы понять её происхождение, нужно разобраться с прозвищем Шмарыга, от которого она образована. Это прозвище звучит необычно для современного уха, но в русских говорах у него есть конкретное значение.

Скорее всего, корень здесь — «шмарыгать». В диалектах (особенно южнорусских и украинских) этот глагол означает «тереть», «чесать», «драть», «хлестать». Отсюда и прозвище Шмарыга могли дать человеку с грубой, огрубевшей кожей, тому, кто постоянно чешется, или, напротив, бойкому, «хлёсткому» человеку. Менее вероятная, но возможная версия — связь с «шмара» (сажа, копоть) или «шмарить» (палить, жечь). Тогда прозвище могло относиться к человеку, работающему с огнём или в грязной, закопчённой среде — например, к кузнецу или печнику.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Шмарыг- добавился суффикс -ин, указывающий на принадлежность. В русском языке суффиксы -ин и -ов/-ев исторически означали «чей?»: Шмарыгин — «сын Шмарыги». Такая модель типична для прозвищ, оканчивающихся на -а/-я. Географически фамилия Шмарыгин встречается не повсеместно, но заметна в центральных и южных областях России, а также в Поволжье, что косвенно подтверждает диалектную природу корня.

В отличие от фамилий, образованных от крестильных имён (Иванов, Петров), Шмарыгин — «прозвищная» фамилия. Она не говорит о знатности рода, а указывает на конкретную, возможно, нелестную, но яркую черту предка. Сословных ограничений у неё не было: прозвище Шмарыга могли дать и крестьянину, и посадскому человеку. Если сравнивать с однокоренными, то фамилия Шмарыгин стоит в одном ряду с Шмаровым (от «шмар» — сажа) или Шмариным (от «шмара»), но отличается именно активным, «глагольным» суффиксом -ыг-.