Фамилия Шмургалкина — редкий случай, когда разбор лучше начинать не с корня, а с суффикса. Форма на -ин указывает на принадлежность: «чей?» — «Шмургалкин», то есть сын или потомок Шмургалки. А вот сама основа — Шмургалк(а) — образована с помощью суффикса -к(а), который в русских фамилиях обычно даёт прозвище или имя с оттенком уменьшительности или оценки. Получается, что в основе лежит нечто вроде «Шмургало» или «Шмургала», к чему добавили -к(а) для обозначения человека по характерному признаку.

Главная трудность — корень «шмург-». В русских говорах и диалектах слово «шмургать» или «шмургнуть» встречается, но с разными значениями. В северных и сибирских говорах «шмургать» означает «тереть, чесать, елозить», а в некоторых местах — «шмыгать носом», то есть часто сморкаться или сопеть. Отсюда прозвище Шмургало могли дать человеку с такой привычкой. Есть и более редкое значение — «шмургать» в смысле «торопливо, суетливо двигаться», что могло характеризовать непоседливого или суетливого человека.

Второй вариант, менее очевидный, связан с заимствованиями. В польском языке есть слово «szmurgać» с похожим значением — «тереть, чистить», а в идише «шмурге» могло означать «грязь» или «неопрятный человек». Учитывая, что фамилия Шмургалкина встречается в основном в западных областях России и в Беларуси, не исключено влияние польского или еврейского языков. Однако в русской среде фамилия скорее всего произошла от прозвища, связанного с бытовой чертой — либо с привычкой тереть что-то (например, одежду или лицо), либо с манерой шмыгать носом.

Женская форма Шмургалкина — это естественное окончание для носительницы фамилии, мужской вариант — Шмургалкин. Носители фамилии, судя по открытым данным, рассеяны по России, но заметная концентрация — в Пермском крае и Кировской области, что косвенно подтверждает диалектное происхождение из северных говоров. Фамилия не относится к дворянским или купеческим родам — скорее всего, это крестьянская или мещанская фамилия, возникшая в XVIII–XIX веках. Аналогов по корню немного, но можно вспомнить однокоренные фамилии Шмургин, Шмурло, Шмурнов — все они образованы от тех же диалектных основ.