Фамилия Шмутов — одна из тех, где с ходу угадывается корень, но точное значение ускользает. В её основе лежит слово «шмут» или «шмута», которое в русских говорах имело несколько значений. Самое распространённое — «шмут» как мелкий, негодный человек, проныра или плут. В южнорусских и украинских диалектах «шмут» означало также «оборванец» или «неопрятный человек». Прозвище Шмут могли дать человеку нечистоплотному или, напротив, хитрому и изворотливому — в зависимости от того, какое значение было в ходу в конкретной местности.

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ов указывает на принадлежность. Шмутов — буквально «сын Шмута» или «человек из рода Шмута». Такие фамилии обычно закреплялись за крестьянами и мещанами, реже — за посадскими людьми. Интересно, что в некоторых областях «шмут» могло быть ироничным прозвищем для портного или скорняка — человека, который «шмутит», то есть возится с тряпьём и лоскутами. Эта версия менее вероятна, но возможна: в русских говорах есть глагол «шмутить» — пачкать, мять, делать кое-как.

Есть и другая гипотеза, которую стоит упомянуть, но не переоценивать. У некоторых исследователей фамилия Шмутов связывается с еврейским именем Шмуэль (Самуил) через просторечную форму Шмуль. Однако в таком случае фамилия обычно выглядела бы как Шмулев или Шмулькин. Форма Шмутов — с русским суффиксом -ов — могла возникнуть у евреев на территории Российской империи, но это скорее исключение. Подавляющее большинство носителей фамилии Шмутов — русские, и их предки жили в центральных и южных губерниях России.

Географически фамилия встречается нечасто. Основные очаги — Воронежская, Ростовская области и Краснодарский край. В этих местах прозвище Шмут могло бытовать в значении «оборванец» или, наоборот, «пройдоха». Сословная принадлежность предков — почти наверняка крестьянство или однодворцы. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что подтверждает её «низовое» происхождение из прозвища, а не из имени.

Если сравнивать с однокоренными, то ближайшая параллель — фамилия Шмутин (с другим суффиксом). Обе восходят к одному корню, но Шмутов более прямолинейно указывает на родство: «чей? — Шмутов». В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» слово «шмут» не выделяется в отдельную статью, но описывается в ряду прозвищ, образованных от диалектных названий людей по их поведению или внешности. Это косвенно подтверждает бытовой, а не именной характер основы.