Фамилия Шниперова — женская форма фамилии Шниперов, и ключ к ней лежит в основе «шнипер». Это слово не из общеупотребительной лексики, а из диалектной или профессиональной сферы. Наиболее вероятное объяснение: «шнипер» — вариант южнорусского или украинского слова «шнип», означающего клюв, нос, а также острый конец чего-либо. В говорах так могли называть человека с длинным или острым носом, то есть фамилия образована от прозвища по внешней примете.

Модель образования проста: прозвище Шнипер (или Шнип) плюс типичный русский патронимический суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — Шниперов сын). Суффикс -ова в женской форме означает «дочь или жена Шниперова». Таким образом, Шниперовы — потомки человека по прозвищу Шнипер.

Менее вероятная, но допустимая версия связывает фамилию с еврейскими корнями. В идише «шнипер» (שניפּער) может означать «нюхач» или «тот, кто нюхает табак» (от глагола «шнипн» — нюхать). Однако в таком случае фамилия чаще встречалась бы в западных губерниях Российской империи и имела бы окончание -ер, а не -ов, что делает русскую диалектную версию более правдоподобной для фамилии с характерным славянским суффиксом.

Фамилия редкая, не массовая. Её география, судя по открытым данным, тяготеет к югу России и Украине — регионам, где слово «шнип» в значении «нос» действительно фиксируется диалектологами. Встречается и вариант Шнипёрова с ударением на последний слог, что может указывать на разное местное произношение.

Однокоренных фамилий немного: Шнип, Шнипов, Шнипер. Все они образованы от той же основы и, скорее всего, не связаны между собой родством, а возникли независимо в разных сёлах как прозвища схожих внешне людей.