Фамилия Шобер — одна из тех, что пришли в Россию с волнами немецкой колонизации. Её корень — немецкое слово Schober, которое в южнонемецких диалектах означало «стог сена» или «скирда». В отличие от русских фамилий, образованных от названий профессий, здесь мы видим прозвище по занятию или месту: предок мог быть крестьянином, работавшим с сеном, или жить рядом с большим стогом. В баварском и австрийском вариантах Schober могло также относиться к человеку, который складывал снопы на поле.

Фамилия не получила при переезде в Россию типичных славянских суффиксов — она сохранила немецкое окончание. Это говорит о том, что носители долгое время оставались в обособленных немецких колониях Поволжья, Причерноморья или Волыни, где фамилии не русифицировали. В метрических книгах лютеранских приходов XIX века Шоберы встречаются в Саратовской и Самарской губерниях, а также в Таврической губернии.

Интересная деталь: в польском языке существует слово szober (от нем. Schober) — «куча», что породило фамилию Шобер у поляков и белорусов. Но в русском контексте основная масса носителей — потомки немецких колонистов. Встречаются варианты написания: Шоббер, Шобер, изредка Шоберь — последнее могло возникнуть под влиянием местного произношения.

В ономастических справочниках фамилию относят к группе немецких фамилий, образованных от топографических признаков или сельскохозяйственных реалий. Сравните с однокоренными: Шоберт (уменьшительная форма), Шоберле (южнонемецкое с суффиксом -le). В России Шоберы — редкая фамилия, её не стоит путать с похожей по звучанию Шабер (французской) или Шубер (от Schuber — «сарай»).