Фамилия Шохонова — женская форма от Шохонов, и её происхождение стоит искать не в славянском, а в тюркском или иранском корне. Основа «шох» (или «шах») восходит к персидскому слову, означающему «царь», «владыка», «господин». В тюркских языках это слово часто входило в состав имён и прозвищ, например, Шох-он — буквально «царь-десять» или, в переносном смысле, «главный над десятком», что могло указывать на военную или административную должность.

Суффикс «-ов» в мужской форме — стандартный русский патронимический показатель, который в XVI–XVII веках закрепился за фамилиями, образованными от имён и прозвищ. Однако в данном случае он присоединился не к славянскому имени, а к тюркскому прозвищу Шохон. Такая модель характерна для русского Поволжья, Приуралья и Сибири, где в XVI–XVIII веках шёл активный контакт с татарами, башкирами и другими тюркскими народами. Фамилия могла возникнуть в среде служилых людей, казаков или крестьян, получивших прозвище за связь с местной знатью или за особую властность.

Вторая возможная версия — связь с географическим названием. В Татарстане есть село Шухоново (в прошлом — Шохоново), а в Башкортостане — деревня Шохонка. Житель такой местности мог получить прозвище «шохонец», от которого затем образовалась фамилия. В этом случае Шохонова — указание на выходца из определённого села, а не на личное качество.

Встречаются единичные случаи, когда фамилию записывали через «а» — Шахонов, что ещё сильнее подчёркивает связь с «шахом». Написание через «о» в первом слоге (Шохонов) — результат аканья или местного диалектного произношения, которое закрепилось в документах.

Сословная принадлежность предков Шохоновых могла быть разной: от крестьян до мелких помещиков. Точных данных о дворянстве нет — фамилия не входит в родословные книги известных родов, что типично для прозвищных фамилий, сложившихся в народной среде.