Фамилия Шохолова — женская форма фамилии Шохолов. В её основе лежит мужское прозвище или нецерковное имя Шохол. Слово «шохол» в русских говорах имеет несколько значений, что и создаёт поле для версий происхождения.

Наиболее вероятная версия связывает фамилию с диалектным словом «шохол» — так в некоторых областях (например, в Поволжье и на Урале) называли суслика или хомяка. Прозвище Шохол могли дать человеку за внешнее сходство с этим зверьком — возможно, за сутулость, щекастость или манеру сидеть на корточках. В этом ряду стоят и другие «звериные» русские фамилии: Сусликов, Хомяков, Барсуков. Модель образования проста: прозвище Шохол плюс патронимический суффикс -ов, означающий «сын Шохола».

Менее распространённая версия — связь с тюркскими языками. В казахском и башкирском «шохол» (или «шуғыл») означает «занятие», «дело», но в качестве личного имени или прозвища это слово почти не зафиксировано. Поэтому тюркская гипотеза уступает славянской диалектной: географически фамилия встречается в регионах, где традиционно сильны севернорусские и уральские говоры, а не тюркское влияние.

Суффикс -ов указывает на то, что фамилия сформировалась в среде, где патроним на -ов был основным способом закрепить родовое имя (в отличие от -ин или -ский). Сословно Шохоловы могли быть крестьянами или посадскими людьми: прозвищные фамилии от названий животных в дворянской среде — редкость. Известных носителей с этой фамилией в истории нет, что типично для фамилий, возникших в глубинке и не попавших в столичные родословные книги.

Таким образом, фамилия Шохолова, скорее всего, ведёт начало от прозвища Шохол — «суслик» — и говорит о наблюдательности предков, подметивших внешнюю или поведенческую черту своего односельчанина.