Фамилия Шолдаев — одна из тех, где этимология не лежит на поверхности, но при ближайшем рассмотрении проясняется достаточно уверенно. Её основу, скорее всего, составляет тюркское прозвище или имя.

Вероятнее всего, в основе лежит тюркское слово «шолда» или близкое к нему. В казахском и других тюркских языках «шолда» (или «шолды») может означать «пустыня», «сухая степь», «голая, выжженная земля». Прозвище Шолдай могли дать человеку, жившему в степной, засушливой местности, либо тому, кто был худощав, «сух» телом. Менее вероятная, но допустимая версия связывает основу с диалектным глаголом «шолдау» — «просить», «клянчить». Тогда Шолдаем могли назвать попрошайку или назойливого просителя, но эта версия слабее, так как прозвища такого рода обычно имеют более грубые формы.

Словообразовательная модель типична для русских фамилий тюркского происхождения: к основе (Шолдай) добавляется типичный русский патронимический суффикс -ев, указывающий на принадлежность («сын Шолдая»). Форма на -ев, а не на -ов, объясняется тем, что основа оканчивается на мягкий согласный [й].

Фамилия редкая и имеет чёткую географическую привязку. Подавляющее большинство носителей Шолдаевых — из Оренбургской области и соседних регионов Южного Урала, а также из Казахстана. Это зона исторического расселения оренбургских казаков и татар-мишарей, где тесное взаимодействие с тюркскими народами (казахами, башкирами) было нормой. Поэтому предки современных Шолдаевых — скорее всего, выходцы из тюркской среды (татары, казахи, башкиры), принявшие православие и получившие фамилию по прозвищу отца.

Таким образом, фамилия Шолдаев напрямую отсылает к степному ландшафту — предок носителя фамилии, вероятно, был человеком из сухой, открытой местности, и его прозвище закрепилось за родом в русской форме.